Ne, pri izdaji zdravil obstajajo določene omejitve. V tujini ni mogoče prevzeti naslednjih na slovenski e-recept predpisanih zdravil:

• zdravil z narkotičnimi in psihotropnimi snovmi (narkotiki): predpis narkotikov v Sloveniji še vedno poteka v papirni obliki,
• magistralnih pripravkov,
• zdravil, predpisanih po učinkovinah (in ne po lastniških imenih).

Zaradi kompleksnosti področja, različnih zakonodaj pa tudi razlik v informacijski podpori pri predpisovanju in izdaji zdravil v različnih državah lahko pride tudi do drugih specifičnih okoliščin, ki izdajo posameznega zdravila v tujini onemogočijo.

Prav tako elektronska izdaja ni možna za papirne recepte. V teh primerih se zdravila izda po predložitvi papirnega recepta, kot do sedaj, mimo čezmejne elektronske izmenjave.