Do podatkov eZdravja lahko dostopajo zgolj registrirani uporabniki eZdravja v skladu s svojimi poklicnimi pooblastili. Pogoji za dostop so naslednji:

• Izvajalec zdravstvene dejavnosti mora uporabniku (svojemu zaposlenemu) v skladu z delovnimi nalogami dodeliti dostop do informacijskega sistema, ki omogoča povezavo z eZdravjem.
• Do pacientovih podatkov je mogoče dostopati zgolj na podlagi ZZZS številke pacienta oz. njegove kartice zdravstvenega zavarovanja.
• Vsak posamezni uporabnik rešitev eZdravja mora biti registriran v Registru izvajalcev zdravstvene dejavnosti in delavcev v zdravstvu (RIZDDZ). V registru so navedene poklicne kvalifikacije posameznika in ter vrste zdravstvene dejavnosti, za katere je pooblaščen na določenem delovnem mestu oz. pri določenem delodajalcu.
• Uporabnik se mora v centralnem sistemu eZdravja registrirati s kvalificiranim digitalnim potrdilom (certifikatom), s katerim izkazuje svojo identiteto.
• eZdravje je povezano z uradnimi evidencami ZZZS tako, da se pridobivajo in preverjajo poklicna pooblastila vezana na posamezne informacijske rešitve: podatek o izbiri osebnega zdravnika, ter pooblastila zdravnikov in medicinskih sester za eNaročanje in eRecept, in podobno.
• Ob registraciji v bazo uporabnikov eZdravja se uporabniku dodelijo privzeta poklicna pooblastila na podlagi evidenc RIZDDZ in ZZZS. Nekatera pooblastila lahko svojim zaposlenim administrativno urejajo tudi njihovi delodajalci.
• Pooblastila se preverjajo ob vsakokratni prijavi v posamezno rešitev eZdravja ter ob vsakem vpogledu v podatke pacientov. Rešitve eZdravja preverjajo podatke o prijavljenem uporabniku in omogočajo izključno tiste postopke in vpoglede, ki so v skladu z uporabnikovimi poklicnimi pooblastili.