Pri uporabi določenih storitev eZdravja je nujno potrebno, da se uporabnik identificira s kvalificiranim digitalnim potrdilom. To potrdilo je lahko shranjeno na profesionalni kartici ali na drugem mestu, npr. če uporabnik ima SIGEN-CA ali drugi certifikat. Pri tem je uporabnik sam odgovoren za ustrezno varovanje potrdila, ki služi za dokazovanje njegove identitete. Rešitve eZdravja ne delajo razlik med različnimi kvalificiranimi digitalnimi potrdili, ki so v uporabi v Sloveniji, in jih uporabljajo kot orodje za dokazovanje identitete uporabnika in za preverjanje ustreznih pooblastil.
Uporabniki so osebno odgovorni za uporabo svojih profesionalnih kartic, digitalnih potrdil in gesel oz. PIN kod. Če svoje potrdilo, profesionalno kartico, geslo ali PIN kodo predajo drugi osebi, ji s tem predajo svojo digitalno identiteto in ravnajo malomarno. S takim dejanjem so odgovorni za morebitne zlorabe svoje identitete (npr. predpis receptov s strani nepooblaščene osebe ipd.)
Odgovornost uporabnikov (oz. ustanove) je, da uporablja posodobljene različice opreme, tako programske kot strojne, saj s tem zmanjša varnostna tveganja. Prav tako je odgovornost uporabnika oz. ustanove, da uporablja programsko opremo, ki upošteva predmetno zakonodajo, predpise in dobre prakse.