Za motnje pri dostopu do centralne baze eRecepta obstaja več razlogov: motnje v delovanju lokalnih informacijskih sistemov (pri zdravniku ali v lekarni), motnje v komunikacijskih poteh ali pa motnje delovanja same centralne baze eRecepta. Zdravnik v takšnih primerih izda papirni recept.
Lekarnar na osnovi papirnega recepta lahko izda zdravilo samo v primeru nujne izdaje. V ostalih primerih brez dostopa do centralne baze eRecepta lekarnar ne sme izdati zdravila. V primeru nedelovanja lokalnega lekarniškega informacijskega sistema lahko pacienta napoti v drugo lekarno.